Структуру Контрольно-счетной палаты муниципального образования Темрюкский район составляют председатель, заместитель председателя, аудитор и аппарат. В состав аппарата Контрольно-счетной палаты входят два инспектора.
Председатель Контрольно-счетной палаты, заместитель председателя и аудитор Контрольно-счетной палаты замещают муниципальные должности муниципального образования Темрюкский район. Инспекторы замещают должности муниципальной службы.
В Контрольно-счетной палате образуется Коллегия Контрольно-счетной палаты, в состав которой входят председатель, заместитель председателя и аудитор Контрольно-счетной палаты.