Она была построена на стыке тысячелетий и просуществовала не менее 500 лет.

Синагога Фанагории просуществовала вплоть до середины 6 века, когда во время нападения варварских племен город был разграблен, а все здания сожжены.

Первые синагоги датируются 3 веком до н.э., а расцвет их строительства приходится только на 3 век н.э., поэтому синагога Фанагории является одной из самых ранних в мире.

О наличии в городе крупной иудейской общины уже в 1 веке н.э. свидетельствуют также изображения менор на амфорах и надгробных камнях этого периода. Данные средневековых историков также подтверждают выводы о том, что иудеи составляли значительную часть населения города.